Examinando por Materia "Bioinformática"

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    Acceso abierto
    Desarrollo de plugin para el análisis de datos generados por secuenciación de alto rendimiento
    (2013) Quintero Lopez, Juan Camilo; Pardo Calvache, César Jesús
    NGSEP representa una solución importante para los problemas de integración y usabilidad presente en las actuales herramientas de bioinformática, en este sentido, NGSEP es un plugin de software programado en el lenguaje Java con SWT biblioteca de componentes gráficos. Con esta esta herramienta un usuario final puede realizar diferentes procesos de NGS (Next generation Sequencing). NGSEP garantiza tiempo de carga de archivos genéticos, almacenamiento local de archivos genéticos, distribución y mantenimiento de versiones del software. NGSEP integra a NGSTools que es un marco integrado para el descubrimiento de las variantes genómicas de los datos producidos por NGS. Integra algoritmos desarrollados anteriormente para la detección SNPs, CNV con implementaciones en Java, esta librería fue desarrollada por el Dr. Jorge Duitama Castellanos investigador en bioinformática de CIAT.